1. Planificación. La elección del tipo de auditoría a realizar, la documentación a elaborar, las fechas y periodicidad de las mismas, y las personas responsables de su realización.
2. Realización. Las auditorías se realizan según el procedimiento y los planes establecidos de antemano, siendo lo mejor para el sistema que la realización de las auditorías sean sistemáticas y en periodos concretos.
3. Evaluación. Toda auditoría debe realizarse para medir en un principio la implantación del sistema y los resultados obtenidos, y en sucesivas ediciones para medir la evolución, tanto de los resultados como de las mejoras obtenidas que pongan de manifiesto la eficacia del sistema.
4. Redacción del informe. Se realiza la evaluación y se recogen en un informe los resultados, tanto de la implantación del sistema como de las desviaciones encontradas, junto con los puntos fuertes y las observaciones. Este informe se da a conocer a los responsables de la institución, para que queden aclaradas y entendidas las deficiencias detectadas y faciliten la adopción de acciones correctivas que solucionen de manera eficaz las desviaciones encontradas.
5. Plan de acciones correctivas. Se realiza en cumplimiento del procedimiento de auditorías y se usa como herramienta de trabajo, que analice las causas de las deficiencias detectadas y proponga acciones para la mejora de los procesos.

Es de vital importancia el conocimiento y dominio con el que cuentan los especialistas en el tema sobre las técnicas de evaluación que se aplican en los diferentes escenarios de la educación, ya que la confiabilidad de las mismas depende de estos conocimientos.

La metodología para el análisis de los resultados es otro punto a considerar, ya que se persigue un fin que es cumplir con el propósito de la evaluación, además de generar una retroalimentación en los procesos de enseñanza-aprendizaje con alumnos, docentes y autoridades a fin de mejorarlos continuamente.